בהתאם להנחיות משרד הבריאות, יש לדאוג לתחזוקה רצופה ותקינה של מערכות המילוי והאגירה של  מי השתייה בבניין באופן הבא:

1. המים המסופקים ממיכלי האגירה צריכים להיות בסחרור מתמיד עם מערכת מי השתייה של הבניין. (יש להחליף את המים במיכל לפחות פעם בשבוע).

2. יש לוודא מניעת כניסת מזהמים למיכלי האגירה על ידי איטום ונעילת פתחי המיכל (דלת כניסה, אוורור, גלישה). כמו כן, חשוב למנוע קינון ציפורים מעל המכסה של המיכל.

3. יש לשטוף ולחטא את מיכל המים לפחות פעם בשנה. 


להלן הנחיות לתכנון ותפעול מיכלי מים בבניינים משותפים:

- שטח הפנים של מיכל האגירה יצופה בחומר המאושר למי שתייה, וכמו כן, יהיה חלק וניתן לניקוי בקלות.
 
- תחתית מיכל האגירה תהיה משופעת לכיוון פתח צינור ההרקה.
 
- במיכל האגירה יותקן פתח כניסה עם מכסה עמיד לחלודה ובעל סידור נעילה. החיבור בין המכסה לגוף המיכל ייעשה באיטום מוחלט במטרה למנוע חדירת מזיקים וזיהום המים.
 
- מיכל האגירה יהיה מאוורר, על ידי צינור המסתיים בעיגול כלפי מטה, עם רשת מגולוונת בקצהו.
 
- גג המיכל צריך להיות מנוקז היטב. כמו כן, פתח מכסה המיכל חייב להיות מוגבה כ-15-20 ס"מ מעל הגג.
 
- אין להתקין אנטנות על גג המיכל או בקרבתו המיידית, זאת כדי למנוע שהיית ציפורים.
 
- אין להתיר העברת צנרת דלוחין ו/או ביוב מעל מיכל המים.
 
- צנרת למיכל אגירה: צנרת המים למיכל האגירה תותקן מחוץ למיכל.
 
- צינור גלישה: שומר על המפלס המקסימאלי של המים בתוך המיכל, יסתיים בצורה חופשית ולא יחובר ישירות למערכת הביוב. בקצה הצינור תותקן רשת מגולוונת.
 
- צינור הרקה: יותקן בתחתית מיכל האגירה, במקום הנמוך ביותר ומיועד להרקת מים מהמיכל לצורך ניקוי וטיפול.